Römische Streufunde und frühmittelalterliche Steinplattengräber zeigen, dass die Gegend in dieser Zeit bewohnt war. Im Mittelalter hiess das dörfliche und kirchliche Zentrum des oberen Frenkentals Onoldswil, um 835 wird es als Honoltesvillare urkundlich erwähnt. Der Name Honolt soll auf althochdeutsch Hunwalt zurückgehen, was sich aus Hun (Tierjunges, junger Bär) und waltan (Macht über etwas haben) zusammensetzt. Im 9. Jahrhundert gehörte Onoldswil dem elsässischen Kloster Murbach, später den Froburgern, welche Lehensleute hatten, die sich «de Onoldswilere» nannten. Schon vor dem Bergsturz im Jahre 1295 sprach man «de inferiori Onoltzwil», das heisst vom unteren Onoldswil. Die Bezeichnung Niederdorf, «Onoldswil im niedern Dorf», setzte sich um 1453 durch, während Oberdorf bis Ende des 15. Jahrhunderts Onoldswil hiess. Beide Siedlungen kamen im Jahre 1400 an die Stadt Basel. Kirchlich gehörte das Dorf immer zu Waldenburg. Im Mittelalter stand in Niederdorf eine St.-Niklaus-Kapelle, die nach der Reformation in ein Wohnhaus umgebaut wurde und im 17. Jahrhundert einem Dorfbrand zum Opfer fiel.